| Transcript Name | Strand | Ig Size (nt) | From (bp) | To (bp) | Size (nt) | Left Gene | Right Gene | Experiments | Expression | Homology | E-value | Identity (%) | Information |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| C0003 | c | 278 | 8087 | 8159 | 72 | yaaJ | talB | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1437 | 0.9 | 100 | ||
| C0016 | w | 191 | 49682 | 49780 | 98 | kefC | folA | 1;2;3;4;5;8;11;12 | 1829 | 1.3 | 100 | ||
| C0023 | w | 338 | 70222 | 70340 | 118 | araB | araC | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1374 | 0.026 | 100 | ||
| C0027 | w | 321 | 77461 | 77533 | 72 | yabN | yabM | 3;4;8 | 787 | 0.23 | 100 | ||
| C0042 | w | 224 | 174939 | 175081 | 142 | hemL | yadQ | 2;3;4;8;9;10 | 2885 | Yes | 0.0005 | 86 | |
| C0049 | c | 257 | 190613 | 190847 | 234 | rpsB | tsf | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2024 | Yes | 4.00E-92 | 95 | |
| C0052 | c | 291 | 192666 | 192850 | 184 | pyrH | frr | 2;3;8;12 | 482 | Yes | 2.00E-19 | 90 | |
| C0057 | c | 121 | 200372 | 200470 | 98 | yaeT | hlpA | 2;3;5;8;11;12;13 | 1392 | Yes | 9.00E-11 | 90 | |
| C0065 | w | 132 | 236814 | 236897 | 83 | dnaQ | aspV | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;12 | 894 | Yes | 5.00E-12 | 92 | |
| C0066 | w | 327 | 237091 | 237297 | 206 | aspV | yafT | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3558 | 0.047 | 100 | ||
| C0067 | w | 625 | 238462 | 238586 | 124 | yafT | yafU | 3 | 476 | 0.11 | 100 | small RNA | |
| C0070 | w | 155 | 245831 | 245907 | 76 | yafK | yafQ | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;13; | 1008 | Yes | 2.00E-11 | 86 | |
| C0072 | c | 91 | 256435 | 256515 | 80 | gpt | yafA | 2;3 | 482 | 0.26 | 100 | ||
| C0073 | w | 287 | 259483 | 259571 | 88 | phoE | proB | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1342 | Yes | 1.00E-06 | 82 | |
| C0074 | w | 325 | 268372 | 268463 | 91 | ykfA | perR | 2;3;4;5;8;10;11;13 | 883 | 4.7 | 100 | ||
| C0077 | w | 226 | 284425 | 284500 | 75 | yagF | yagG | 3 | 536 | 0.24 | 100 | ||
| C0078 | c | 343 | 289535 | 289661 | 126 | argF | yagJ | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3716 | Yes | 8.00E-12 | 93 | |
| C0081 | c | 874 | 330807 | 330895 | 88 | betT | yahA | 4 | 507 | 0.29 | 95 | ORF 141 | |
| C0083 | c | 329 | 353936 | 354076 | 140 | prpE | codB | 2;5;8;11 | 559 | Yes | 3.00E-08 | 95 | |
| C0085 | c | 532 | 374105 | 374609 | 504 | mhpE | mhpT | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 | 1566 | Yes | 8.00E-09 | 97 | |
| C0086 | w | 166 | 379197 | 379268 | 71 | yaiN | yaiO | 1;2;3;4;7;8;9;11;12 | 898 | 0.89 | 100 | ||
| C0087 | w | 351 | 395627 | 395801 | 174 | yaiH | sbmA | 2;3;4;5;8;9;10;11 | 1255 | 0.62 | 100 | ||
| C0090 | w | 157 | 408255 | 408327 | 72 | b0392 | yaiD | 3;7 | 448 | Yes | 0.0002 | 91 | |
| C0095 | c | 205 | 440604 | 440652 | 48 | xseB | yajK | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 970 | Yes | 6.00E-07 | 100 | |
| C0099 | w | 459 | 450990 | 451126 | 136 | cyoA | ampG | 1;2;3;4;5;8;10 | 502 | Yes | 8.00E-09 | 90 | ORF 186 |
| C0102 | c | 343 | 454271 | 454319 | 48 | bolA | tig | 1;2;3;4;5;7;8;10;11 | 735 | Yes | 2.00E-06 | 100 | |
| C0111 | c | 211 | 489137 | 489315 | 178 | aefA | ybaM | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4740 | Yes | 4.00E-08 | 97 | |
| C0112 | c | 152 | 490516 | 490630 | 114 | ybaN | apt | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 | 2017 | Yes | 3.00E-11 | 92 | |
| C0114 | c | 128 | 491249 | 491314 | 65 | apt | dnaX | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2267 | Yes | 1.00E-14 | 92 | |
| C0116 | c | 180 | 496227 | 496317 | 90 | htpG | adk | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2105 | Yes | 0.001 | 100 | |
| C0118 | c | 235 | 497096 | 497144 | 48 | adk | hemH | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4556 | 0.55 | 100 | ||
| C0120 | c | 315 | 507786 | 508062 | 276 | ybaQ | ybaR | 2;3;4;7;12;13 | 607 | Yes | 7.00E-11 | 95 | |
| C0125 | w | 117 | 552356 | 552429 | 73 | purE | ybbF | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1117 | Yes | 0.0002 | 100 | |
| C0128 | c | 214 | 571548 | 571631 | 83 | ybcM | ybcN | 2;3;4 | 1074 | 1.1 | 94 | ORF 105 | |
| C0129 | w | 512 | 576300 | 576615 | 315 | nmpC | ybcR | 2;3;4;5;11 | 881 | Yes | 6.00E-15 | 94 | |
| C0130 | c | 513 | 585176 | 585257 | 81 | ompT | envY | 2 | 298 | Yes | 0.0003 | 96 | |
| C0132 | w | 681 | 607070 | 607166 | 96 | ybdK | entD | 1;2;3;4;10 | 677 | 1.3 | 100 | ||
| C0137 | c | 217 | 613286 | 613363 | 77 | fes | entF | 2;4 | 506 | 0.016 | 100 | ||
| C0140 | c | 180 | 628936 | 629050 | 114 | ybdB | cstA | 2;3 | 431 | 1.5 | 100 | ||
| C0142 | c | 389 | 631320 | 631487 | 167 | cstA | ybdH | 2;3;4 | 1110 | Yes | 4.00E-11 | 98 | |
| C0149 | w | 208 | 659535 | 659634 | 99 | lipA | ybeF | 1;2;3;4;5;8;9;10 | 868 | 0.084 | 95 | ||
| C0157 | w | 117 | 683647 | 683729 | 82 | ybeK | gltL | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1293 | 0.017 | 95 | ||
| C0161 | w | 379 | 696662 | 696695 | 33 | metT | asnB | 2;3;4;8;10 | 700 | 0.32 | 100 | ||
| C0162 | w | 396 | 698476 | 698787 | 311 | asnB | nagD | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1277 | Yes | 1.00E-09 | 97 | |
| C0164 | c | 202 | 705149 | 705271 | 122 | nagE | glnS | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12 | 2665 | 0.42 | 100 | ||
| C0166 | w | 288 | 709957 | 710130 | 173 | fur | fldA | 2;3;4;7;8;11;12 | 1024 | Yes | 3.00E-12 | 100 | ORF 111 |
| C0168 | c | 184 | 712103 | 712177 | 74 | ybfF | seqA | 2;3 | 550 | Yes | 4.00E-06 | 84 | |
| C0171 | c | 149 | 740155 | 740296 | 141 | phrB | ybgH | 3;9 | 1001 | Yes | 1.00E-10 | 95 | |
| C0175 | c | 274 | 761963 | 762219 | 256 | sucB | sucC | 2;3;7;8;12;13 | 1661 | Yes | 3.00E-07 | 97 | |
| C0180 | c | 132 | 776842 | 776939 | 97 | tolA | tolB | 2;3;4;7;11;12 | 504 | Yes | 2.00E-18 | 96 | |
| C0182 | c | 164 | 779628 | 779747 | 119 | ybgF | lysT | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;12;13 | 1567 | Yes | 6.00E-34 | 92 | |
| C0183 | c | 132 | 780667 | 780793 | 126 | lysZ | lysQ | 2;5;8;11;12 | 1442 | Yes | 2.00E-43 | 95 | |
| C0187 | w | 201 | 786899 | 786975 | 76 | gpmA | galM | 1;2;3;4;7;8;9;10 | 787 | Yes | 3.00E-16 | 98 | |
| C0188 | c | 128 | 793891 | 793971 | 80 | modE | b0762 | 1;2;3;4;7;8;10;11;12 | 784 | Yes | 3.00E-13 | 97 | |
| C0189 | c | 233 | 804999 | 805120 | 121 | ybhJ | ybhC | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3836 | 0.027 | 95 | ||
| C0192 | c | 231 | 831471 | 831653 | 182 | rhlE | ybiA | 1;2;3;4;7;8;10 | 1340 | Yes | 3.00E-09 | 97 | |
| C0194 | w | 228 | 836732 | 836807 | 75 | ybiC | ybiJ | 1;2;3;5;8;11 | 922 | 0.24 | 100 | ||
| C0197 | w | 138 | 846352 | 846479 | 127 | glnP | glnH | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4234 | Yes | 7.00E-06 | 96 | |
| C0198 | c | 403 | 847276 | 847423 | 147 | glnH | dps | 2;3;4;5;8;9;10;11;12;13 | 1234 | 0.52 | 100 | ||
| C0200 | c | 352 | 849580 | 849657 | 77 | ybiF | ompX | 2 | 802 | Yes | 3.00E-22 | 97 | |
| rybA | c | 242 | 852175 | 852263 | 88 | ybiP | ybiQ | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11 | 1702 | Yes | 5.00E-06 | 87 | rybA (sRNA) |
| C0209 | c | 198 | 898873 | 899054 | 181 | ybjF | artJ | 2;3;11 | 1563 | Yes | 2.00E-10 | 97 | |
| C0215 | w | 343 | 924883 | 924970 | 87 | clpA | serW | 1;2;3;4;8;10 | 1097 | 0.072 | 100 | ||
| C0218 | w | 284 | 925683 | 925896 | 213 | infA | aat | 2;3;8;12 | 984 | Yes | 2.00E-16 | 92 | ORF 96 |
| C0224 | c | 191 | 950327 | 950399 | 72 | pflA | pflB | 2;3;4;8;11;12;13 | 619 | 0.058 | 100 | ORF 75 | |
| C0230 | c | 159 | 962916 | 963038 | 122 | rpsA | himD | 2;3;4;5;8;11;12 | 1609 | Yes | 2.00E-31 | 99 | |
| C0233 | w | 260 | 980151 | 980226 | 75 | mukB | ycbB | 2;3;4;12 | 2486 | 0.24 | 100 | ||
| C0234 | c | 260 | 980171 | 980267 | 96 | mukB | ycbB | 2;3;4;12 | 1168 | 0.32 | 100 | ||
| C0236 | c | 221 | 983535 | 983721 | 186 | ycbL | aspC | 2;3;7;8;9;11;12;13 | 1743 | Yes | 5.00E-08 | 97 | |
| C0238 | w | 184 | 985039 | 985113 | 74 | aspC | ompF | 2;3 | 499 | 0.015 | 95 | ||
| C0240 | w | 602 | 986548 | 986684 | 136 | ompF | asnS | 2;3 | 1296 | Yes | 5.00E-07 | 90 | ORF 126 |
| C0243 | w | 265 | 989694 | 989812 | 118 | pncB | pepN | 2;3;4;5;7;8;9;11;12;13 | 871 | Yes | 3.00E-23 | 90 | |
| C0246 | c | 255 | 1014847 | 1014923 | 76 | ymbA | rmf | 2 | 1227 | Yes | 1.00E-15 | 98 | |
| C0248 | w | 185 | 1017551 | 1017675 | 124 | b0955 | ycbG | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 1122 | Yes | 0.0001 | 86 | |
| C0250 | w | 356 | 1019457 | 1019577 | 120 | ompA | sulA | 2;3;4;8;11;12 | 2089 | Yes | 0.007 | 95 | |
| C0252 | w | 181 | 1029189 | 1029267 | 78 | b0967 | b0968 | 2;3;4;8;10;11 | 1499 | 0.99 | 100 | ||
| C0258 | c | 285 | 1050518 | 1050678 | 160 | cspH | cspG | 1;2;3;7;11;13 | 1241 | 2.2 | 100 | ||
| C0260 | w | 211 | 1051340 | 1051510 | 170 | sfa | yccM | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2977 | 0.15 | 100 | ||
| C0263 | c | 362 | 1067392 | 1067559 | 167 | ycdF | ycdG | 3;4;10 | 2416 | Yes | 1.00E-11 | 88 | |
| C0265 | w | 422 | 1078410 | 1078489 | 79 | putA | putP | 2;3;4;7;8;11 | 857 | Yes | 2.00E-11 | 100 | |
| C0267 | c | 533 | 1080196 | 1080293 | 97 | putP | b1016 | 2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 | 1107 | 1.3 | 100 | ||
| C0272 | w | 172 | 1112684 | 1112759 | 75 | mdoH | yceK | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3736 | Yes | 3.00E-07 | 97 | |
| C0276 | w | 205 | 1124608 | 1124743 | 135 | yceL | rimJ | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3799 | Yes | 8.00E-06 | 91 | |
| C0283 | c | 210 | 1150729 | 1150827 | 98 | fabG | acpP | 2;3;4;5;8;11;12 | 1230 | Yes | 2.00E-51 | 100 | ORF 78 |
| C0288 | c | 119 | 1179616 | 1179699 | 83 | cobB | b1121 | 1;2;3;7;8;9;10;12 | 857 | Yes | 2.00E-05 | 100 | |
| C0292 | c | 493 | 1195705 | 1195804 | 99 | icdA | ymfD | 1;2;3;4;5;9;11;12 | 861 | 1.3 | 100 | ||
| C0293 | w | 493 | 1195937 | 1196009 | 72 | icdA | ymfD | 3 | 744 | 0.23 | 100 | small RNA | |
| C0294 | c | 371 | 1223306 | 1223396 | 90 | b1172 | minE | 2;3;8;11 | 582 | 1.2 | 100 | ||
| C0299 | w | 366 | 1229852 | 1229930 | 78 | hlyE | umuD | 3 | 3139 | 0.99 | 100 | small RNA | |
| C0300 | c | 145 | 1232303 | 1232384 | 81 | dsbB | nhaB | 2;3 | 347 | 0.066 | 100 | ||
| C0304 | c | 151 | 1260026 | 1260101 | 75 | ychM | prsA | 2;3;6;7;8;11;12 | 509 | Yes | 1.00E-30 | 97 | |
| C0305 | w | 151 | 1260061 | 1260149 | 88 | ychM | prsA | 1;3;4 | 1033 | Yes | 9.00E-14 | 85 | |
| C0307 | w | 150 | 1261103 | 1261247 | 144 | prsA | ychB | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2926 | Yes | 5.00E-69 | 97 | |
| C0312 | c | 182 | 1285763 | 1285884 | 121 | narI | tpr | 7;11;12 | 525 | Yes | 0.0004 | 96 | ORF 84 |
| C0313 | w | 182 | 1285808 | 1285883 | 75 | narI | tpr | 2;3;5;13 | 1225 | Yes | 0.0002 | 96 | |
| C0314 | w | 209 | 1286562 | 1286744 | 182 | tyrV | tyrT | 2;3;8 | 940 | Yes | 2.00E-34 | 87 | |
| C0318 | c | 201 | 1290522 | 1290623 | 101 | hnr | galU | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;13 | 1928 | Yes | 0.006 | 95 | |
| C0325 | c | 137 | 1321159 | 1321239 | 80 | trpL | yciV | 2;3;8;11 | 691 | Yes | 3.00E-07 | 94 | |
| C0337 | c | 248 | 1357334 | 1357442 | 108 | ycjJ | b1297 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 1165 | 1.4 | 94 | ||
| C0340 | c | 185 | 1368076 | 1368174 | 98 | pspE | ycjM | 1;2;3;4;5;8;11 | 1268 | 1.3 | 100 | ||
| C0343 | w | 477 | 1407387 | 1407461 | 74 | b1342 | dbpA | 3 | 483 | 0.06 | 86 | small RNA | |
| C0345 | c | 263 | 1417525 | 1417597 | 72 | b1355 | ydaR | 1;2;3;4 | 924 | 0.23 | 100 | ||
| C0346 | w | 927 | 1433171 | 1433207 | 36 | b1372 | ynaF | 1;2;3;4;5;7;8;10;11 | 699 | 0.093 | 100 | ||
| C0347 | c | 536 | 1439219 | 1439291 | 72 | ydbK | hslJ | 2;7;8;11 | 859 | 0.058 | 95 | ||
| C0350 | w | 500 | 1488549 | 1488713 | 164 | gapC | cybB | 2;3;4;8;12 | 1267 | 2.3 | 100 | ||
| C0352 | c | 111 | 1489877 | 1489979 | 102 | ydcA | b1420 | 2;3;5;10;13 | 564 | 1.4 | 100 | ||
| C0358 | c | 112 | 1522401 | 1522473 | 72 | b1452 | ansP | 2;3 | 807 | 0.23 | 100 | ||
| C0361 | w | 231 | 1545201 | 1545329 | 128 | yddG | fdnG | 1;2;3;4;6;7;8;9;10;13 | 2733 | 0.11 | 95 | ||
| C0362 | w | 406 | 1550025 | 1550410 | 385 | fdnI | yddM | 3 | 411 | Yes | 3.00E-08 | 97 | small RNA |
| C0365 | w | 101 | 1553987 | 1554087 | 100 | rpsV | b1481 | 2;3;7;8;12 | 744 | Yes | 2.00E-11 | 97 | |
| C0369 | w | 155 | 1568530 | 1568627 | 97 | xasA | gadB | 2;3;8;10;12 | 1196 | 0.021 | 95 | ||
| C0372 | w | 111 | 1609916 | 1609988 | 72 | b1522 | b1523 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3125 | 0.9 | 100 | ||
| C0376 | c | 309 | 1636223 | 1636310 | 87 | b1551 | cspI | 2;4;5;8;11 | 883 | 0.072 | 95 | ||
| C0378 | w | 678 | 1638985 | 1639089 | 104 | b1556 | cspB | 3 | 1106 | 0.089 | 89 | ORF 75 | |
| C0382 | c | 421 | 1640115 | 1640303 | 188 | cspF | b1559 | 2;4 | 599 | 0.67 | 100 | ||
| C0386 | c | 436 | 1644948 | 1645054 | 106 | flxA | b1567 | 2;3 | 555 | 1.4 | 100 | ||
| C0387 | c | 340 | 1647224 | 1647351 | 127 | ydfC | dicF | 2;3;4 | 884 | 0.11 | 100 | ||
| C0389 | c | 187 | 1650738 | 1650900 | 162 | b1579 | rspB | 3;4;5 | 1388 | Yes | 4.00E-05 | 96 | |
| C0392 | w | 134 | 1663181 | 1663259 | 78 | b1591 | b1592 | 1;2;3;4;7;11 | 744 | 0.25 | 100 | ||
| C0394 | c | 275 | 1669753 | 1669867 | 114 | asr | b1598 | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 3088 | Yes | 3.00E-05 | 89 | ORF 81 |
| C0398 | w | 390 | 1694211 | 1694352 | 141 | uidA | uidR | 3 | 353 | 0.13 | 100 | ||
| C0401 | w | 601 | 1702604 | 1702818 | 214 | b1624 | b1625 | 1;2;3;8;10;11;12;13 | 1104 | 0.77 | 100 | ||
| C0406 | c | 553 | 1735523 | 1735633 | 110 | b1657 | purR | 2;3;4;11 | 1535 | Yes | 3.00E-20 | 91 | |
| C0412 | w | 148 | 1756794 | 1756890 | 96 | ynhG | ynhA | 2;3;4;8 | 697 | 0.32 | 100 | ||
| rprA | c | 401 | 1768222 | 1768303 | 81 | ydiK | ydiL | 1;2;3;4;5;8;10;11 | 1318 | 0.26 | 100 | rprA (sRNA) / ORF 81 | |
| C0417 | c | 131 | 1787527 | 1787597 | 70 | aroH | ydiE | 2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 | 3336 | 0.22 | 100 | ||
| C0420 | w | 283 | 1796981 | 1797146 | 165 | pheS | pheM | 2;3 | 618 | Yes | 3.00E-21 | 86 | |
| C0421 | w | 96 | 1798023 | 1798118 | 95 | rpmI | infC | 1;2;3;4;5;8;11;12;13 | 1762 | Yes | 3.00E-35 | 95 | |
| C0424 | w | 331 | 1803239 | 1803347 | 108 | b1721 | b1722 | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;13 | 1709 | 0.093 | 100 | ||
| C0425 | w | 286 | 1804173 | 1804380 | 207 | b1722 | pfkB | 1;2;3;4;13 | 1297 | Yes | 2.00E-16 | 88 | |
| C0430 | c | 341 | 1860674 | 1860747 | 73 | yeaA | gapA | 2;4;12 | 601 | Yes | 3.00E-28 | 100 | |
| C0441 | w | 541 | 1906979 | 1907060 | 81 | b1826 | b1827 | 2;3;4;8;9;10;11 | 708 | 0.066 | 100 | ||
| C0443 | w | 675 | 1913291 | 1913450 | 159 | yebJ | b1832 | 1;2;3;5;7;8;11 | 801 | Yes | 5.00E-29 | 85 | |
| ryeA/sraC | w | 392 | 1921160 | 1921323 | 163 | pphA | yebY | 2;3;4;5;8;9;10;11 | 1628 | Yes | 1.00E-51 | 97 | ryeA (sRNA) / sraC (sRNA) |
| ryeB | c | 392 | 1921188 | 1921308 | 120 | pphA | yebY | 2;3;4;7;8;10;11;12 | 4480 | Yes | 4.00E-35 | 96 | ryeB (sRNA) |
| C0446 | c | 138 | 1923028 | 1923126 | 98 | b1841 | holE | 2;3;7;8;10;11;12 | 1204 | Yes | 0.0003 | 91 | |
| C0447 | w | 101 | 1923381 | 1923459 | 78 | holE | b1843 | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1204 | 0.25 | 100 | ||
| C0448 | w | 326 | 1927890 | 1928002 | 112 | yebE | yebF | 2;3;4;8;11 | 930 | 0.024 | 95 | ||
| C0456 | w | 119 | 1938259 | 1938335 | 76 | msbB | yebA | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 3205 | 0.96 | 100 | ||
| C0459 | c | 146 | 1942229 | 1942307 | 78 | yebI | ruvB | 2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 1938 | Yes | 2.00E-05 | 96 | |
| C0462 | w | 117 | 1946657 | 1946772 | 115 | ntpA | aspS | 2;3 | 434 | Yes | 4.00E-10 | 85 | |
| C0463 | c | 276 | 1948618 | 1948806 | 188 | aspS | yecD | 2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1517 | Yes | 9.00E-22 | 98 | |
| C0464 | c | 201 | 1964292 | 1964379 | 87 | flhB | cheZ | 2;3;4 | 1545 | 1.1 | 100 | ORF 90 | |
| C0465 | w | 144 | 1970763 | 1970840 | 77 | tar | cheW | 3 | 458 | 0.25 | 95 | small RNA | |
| C0466 | w | 126 | 1975204 | 1975282 | 78 | motA | flhC | 3;11;12 | 580 | 0.016 | 92 | ||
| C0467 | w | 311 | 1976435 | 1976516 | 81 | flhD | yecG | 7;9;13 | 641 | Yes | 0.0003 | 85 | |
| C0469 | w | 796 | 1984828 | 1984900 | 72 | araF | yecI | 2;4;5;8 | 931 | 3.6 | 100 | ||
| C0469.5 | c | 439 | 1985805 | 1986019 | 214 | yecJ | yecR | 1;2;3;4;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4455 | 0.77 | 100 | ||
| C0473 | w | 229 | 1995020 | 1995047 | 27 | sdiA | yecC | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;13 | 1239 | 0.9 | 100 | ORF 105 | |
| C0476 | w | 155 | 2026113 | 2026208 | 95 | b1956 | b1957 | 2;3;4;8 | 1114 | 0.08 | 95 | ||
| C0478 | c | 591 | 2033313 | 2033503 | 190 | b1966 | yedU | 1;2;3;4;8 | 1627 | 0.17 | 100 | ||
| C0479 | w | 591 | 2033664 | 2033850 | 186 | b1966 | yedU | 5 | 890 | 2.6 | 100 | ||
| C0480 | c | 256 | 2039194 | 2039225 | 31 | b1972 | b1973 | 2;3;4 | 1412 | 0.29 | 100 | ||
| C0481 | c | 312 | 2040047 | 2040135 | 88 | b1973 | yodB | 1;2;3;4;5;8;9;11 | 6165 | 0.29 | 100 | ||
| C0485 | c | 326 | 2060175 | 2060249 | 74 | nac | asnV | 2;3 | 676 | 0.93 | 100 | ||
| C0486 | c | 114 | 2072681 | 2072772 | 91 | flu | b2001 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 1997 | 0.3 | 100 | ||
| C0487 | c | 897 | 2076255 | 2076327 | 72 | yeeW | yeeX | 2;3 | 2118 | 0.9 | 100 | ||
| C0488 | w | 897 | 2076954 | 2077027 | 73 | yeeW | yeeX | 2;3;8;10 | 455 | 0.23 | 100 | ||
| C0496 | c | 275 | 2116472 | 2116688 | 216 | wcaK | wzxC | 1;2;3;4;7;8;11;12;13 | 989 | Yes | 1.00E-08 | 95 | |
| C0502 | w | 301 | 2175319 | 2175434 | 115 | gatY | b2097 | 1;2;3;4;7;8;12;13 | 1176 | 0.025 | 100 | ||
| C0505 | w | 222 | 2183330 | 2183501 | 171 | thiM | yohL | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 2736 | Yes | 1.00E-32 | 96 | ORF 99 |
| C0506 | w | 147 | 2213677 | 2213763 | 86 | yehV | yehW | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 1704 | 0.071 | 100 | ||
| C0509 | w | 129 | 2224433 | 2224527 | 94 | yohD | yohF | 2;3;4;7;12 | 583 | 0.079 | 100 | ||
| C0510 | w | 598 | 2226932 | 2227408 | 476 | yohH | yohI | 2;3;4;5;7;8;9;10;11 | 3246 | Yes | 1.00E-07 | 84 | |
| C0511 | c | 598 | 2226963 | 2227149 | 186 | yohH | yohI | 1;2;3;4;7;8;9;13 | 1315 | Yes | 5.00E-08 | 84 | ORF 81 |
| C0513 | c | 149 | 2230771 | 2230854 | 83 | cdd | sanA | 2;3;8;11 | 620 | 0.068 | 95 | ||
| C0516 | w | 279 | 2238388 | 2238521 | 133 | mglB | galS | 1;5;12;13 | 1445 | Yes | 0.0005 | 100 | |
| C0526 | w | 181 | 2282002 | 2282129 | 127 | yejK | yejL | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1816 | Yes | 2.00E-09 | 100 | |
| micF | w | 738 | 2311118 | 2311161 | 43 | ompC | yojN | 4 | 4330 | Yes | micF (sRNA) | ||
| C0536 | w | 303 | 2378534 | 2378740 | 206 | menF | elaB | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2576 | Yes | 4.00E-18 | 86 | |
| C0538 | w | 186 | 2389373 | 2389530 | 157 | nuoN | nuoM | 1;2;3;5;7;8;12;13 | 958 | Yes | 5.00E-60 | 93 | |
| C0543 | w | 630 | 2403551 | 2403694 | 143 | nuoA | lrhA | 2;3;4;8;10 | 812 | 2 | 100 | ||
| C0566 | w | 515 | 2474407 | 2474539 | 132 | b2363 | dsdC | 2;3;4;8;11 | 762 | 1.8 | 100 | ||
| C0570 | c | 114 | 2508924 | 2509014 | 90 | b2389 | b2390 | 2;5;6;7;8;9;10;11 | 999 | Yes | 5.00E-06 | 89 | |
| C0571 | w | 114 | 2508935 | 2509019 | 84 | b2389 | b2390 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3677 | Yes | 5.00E-06 | 89 | |
| C0573 | w | 91 | 2515973 | 2516058 | 85 | yfeA | alaX | 1;2;3;4;11 | 559 | Yes | 5.00E-06 | 96 | |
| C0575 | w | 216 | 2526001 | 2526073 | 72 | yfeH | lig | 1;2;4;7;8;9;12 | 3819 | Yes | 2.00E-11 | 100 | |
| C0579 | c | 383 | 2531669 | 2531767 | 98 | cysK | ptsH | 2;3;4;8;10;12 | 1008 | Yes | 2.00E-27 | 97 | |
| C0587 | w | 425 | 2539328 | 2539377 | 49 | cysW | cysU | 1;2;3;11 | 884 | Yes | 6.00E-10 | 90 | ORF 108 |
| C0591 | w | 469 | 2558965 | 2559103 | 138 | b2443 | b2444 | 2 | 718 | 0.12 | 100 | ORF 96 | |
| C0592 | c | 469 | 2559205 | 2559301 | 96 | b2443 | b2444 | 1;2;3;4;8;9 | 761 | 0.021 | 100 | ||
| C0593 | c | 459 | 2561161 | 2561457 | 296 | b2447 | b2448 | 2;3;7;10 | 1249 | 1.1 | 100 | ||
| C0594 | c | 120 | 2562393 | 2562498 | 105 | b2449 | b2450 | 1;2;3;4;5;8;9;10;11;13 | 1203 | 1.4 | 100 | ||
| C0595 | c | 288 | 2576422 | 2576619 | 197 | b2463 | talA | 2;3;5;8;11 | 698 | Yes | 2.00E-16 | 96 | |
| C0599 | c | 337 | 2590810 | 2590906 | 96 | dapE | ypfH | 2;3;4 | 473 | Yes | 2.00E-15 | 90 | |
| C0614 | c | 817 | 2651472 | 2651558 | 86 | sseA | sseB | 2 | 299 | 0.28 | 100 | small RNA | |
| ryfA | w | 817 | 2651902 | 2652147 | 245 | sseA | sseB | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 2497 | Yes | 5.00E-24 | 88 | ryfA (sRNA) |
| C0623 | w | 395 | 2693796 | 2693945 | 149 | purL | yfhD | 2;8;11 | 694 | Yes | 2.00E-31 | 86 | |
| C0624 | c | 395 | 2693860 | 2693932 | 72 | purL | yfhD | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3122 | 0.9 | 100 | ||
| C0634 | w | 322 | 2723788 | 2724007 | 219 | kgtP | rrfG | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 | 5930 | 3.1 | 100 | ||
| C0635 | c | 441 | 2729395 | 2729560 | 165 | rrsG | clpB | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3182 | Yes | 1.00E-29 | 94 | |
| C0643 | w | 248 | 2744245 | 2744315 | 70 | rpsP | ffh | 2;3;8;11 | 1677 | Yes | 2.00E-14 | 94 | |
| C0645 | w | 337 | 2751490 | 2751789 | 299 | recN | smpA | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3512 | Yes | 1.00E-98 | 92 | |
| C0648 | w | 359 | 2763425 | 2763497 | 72 | yfjL | yfjM | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;13 | 1665 | 3.6 | 100 | ||
| C0649 | w | 224 | 2769734 | 2769823 | 89 | yfjT | b2638 | 1;2;3;4;5;7;8;11;12;13 | 940 | 1.2 | 100 | ||
| C0650 | c | 897 | 2773402 | 2773509 | 107 | yfjW | yfjX | 1;2;3;4;8;10 | 1622 | 0.36 | 95 | ||
| C0651 | w | 363 | 2775855 | 2776034 | 179 | ypjF | ypjA | 1;2;3;4;7;8;9;10;11;12;13 | 897 | 0.64 | 100 | ||
| C0652 | c | 247 | 2798550 | 2798645 | 95 | ygaM | nrdH | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11 | 7961 | 4.9 | 100 | ORF 87 | |
| C0655 | c | 191 | 2806169 | 2806300 | 131 | proX | b2680 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 3636 | Yes | 3.00E-05 | 90 | |
| C0660 | w | 234 | 2817195 | 2817247 | 52 | csrA | alaS | 2;4;8;12 | 443 | Yes | 3.00E-24 | 100 | |
| C0664 | w | 127 | 2833077 | 2833189 | 112 | ygbD | hypF | 3 | 461 | Yes | 4.00E-10 | 97 | small RNA |
| C0673 | w | 74 | 2886336 | 2886408 | 72 | cysH | cysI | 1;2;3;4;5;7;8;11;12 | 1625 | Yes | 6.00E-08 | 100 | |
| C0674 | c | 147 | 2892830 | 2892926 | 96 | ygcP | ygcQ | 1;2;3;5;7;8;10;11;12;13 | 1273 | Yes | 4.00E-10 | 95 | |
| C0676 | w | 87 | 2905967 | 2906047 | 80 | eno | pyrG | 2;3;4;7;8;12 | 1216 | Yes | 1.00E-12 | 95 | |
| csrB | c | 621 | 2922205 | 2922597 | 392 | ygcC | syd | 1;2;4;5;6;7;8;9;11;12;13 | 22421 | Yes | 2.00E-92 | 87 | csrB (sRNA) |
| C0680 | w | 621 | 2922341 | 2922536 | 195 | ygcC | syd | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 21791 | Yes | 1.00E-42 | 87 | |
| gcvB | w | 350 | 2940716 | 2940898 | 182 | gcvA | ygdL | 1;2;3;4;5;8;10;11;12;13 | 11363 | Yes | 5.00E-82 | 96 | gcvB (sRNA) |
| C0687 | w | 584 | 2974210 | 2974368 | 158 | aas | galR | 2;3 | 1030 | Yes | 4.00E-17 | 92 | |
| C0696 | c | 266 | 3043939 | 3044066 | 127 | ygfF | gcvP | 2;3;10;12;13 | 480 | 1.7 | 100 | ||
| rygC | w | 388 | 3054891 | 3055109 | 218 | ygfA | serA | 1;2;3;4;5;8;9;10;11 | 3101 | Yes | 2.00E-10 | 89 | rygC (sRNA) |
| C0703 | w | 214 | 3069268 | 3069464 | 196 | fba | pgk | 1;2;3;4;5;6;7;8;10;11;12;13 | 4927 | Yes | 3.00E-49 | 94 | |
| C0712 | w | 154 | 3096461 | 3096559 | 98 | yggW | yggM | 2;3;5;7;8;9;11;12;13 | 1419 | Yes | 0.0003 | 92 | |
| C0718 | w | 484 | 3117508 | 3117592 | 84 | b2974 | yghK | 2;3 | 450 | 0.069 | 100 | ||
| C0719 | w | 354 | 3119374 | 3119595 | 221 | yghK | glcB | 4 | 2581 | 0.051 | 95 | small RNA | |
| C0720 | w | 291 | 3134391 | 3134463 | 72 | pitB | gsp | 7 | 275 | Yes | 6.00E-08 | 90 | ORF 138 |
| C0724 | c | 221 | 3154691 | 3154740 | 49 | yqhD | yqhE | 1;2;3;4;7;8;9;12;13 | 1201 | 0.56 | 100 | ||
| C0730 | c | 419 | 3192684 | 3192948 | 264 | b3051 | b3052 | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 8489 | Yes | 3.00E-44 | 86 | small RNA |
| C0736 | c | 425 | 3229118 | 3229257 | 139 | ygjK | ygjL | 2;4;6;7;9;11;12 | 2339 | Yes | 9.00E-09 | 91 | |
| C0737 | w | 425 | 3229172 | 3229264 | 92 | ygjK | ygjL | 1;2;3;4;5;7;8;9;11;13 | 2564 | Yes | 5.00E-09 | 91 | |
| C0738 | w | 283 | 3232214 | 3232289 | 75 | ygjN | ygjO | 2;3;4;7;8;9 | 1007 | 0.061 | 100 | ||
| sraF | w | 283 | 3236009 | 3236162 | 153 | ygjR | ygjT | 2;3;4;8;10 | 1532 | Yes | 2.00E-47 | 92 | sraF (sRNA) |
| C0740 | c | 396 | 3237188 | 3237292 | 104 | ygjT | ygjU | 1;2;3;4;7;13 | 575 | 0.35 | 95 | ||
| C0745 | c | 293 | 3249766 | 3249837 | 71 | yqjG | yhaH | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2550 | Yes | 0.004 | 95 | ORF 135 |
| C0747 | w | 234 | 3265293 | 3265331 | 38 | tdcR | yhaB | 1;2;3;4;6;7;8;9;10;13 | 1530 | Yes | 0.006 | 95 | |
| C0751 | w | 128 | 3305554 | 3305679 | 125 | deaD | yhbM | 1;2;3;4;5;7;8;11;12;13 | 3427 | Yes | 1.00E-50 | 95 | |
| C0756 | w | 163 | 3310869 | 3310897 | 28 | rbfA | infB | 2;3;4;12 | 514 | 0.016 | 100 | ||
| C0757 | c | 200 | 3315732 | 3315825 | 93 | yhbC | metY | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2475 | Yes | 2.00E-11 | 87 | |
| C0765 | c | 155 | 3325738 | 3325824 | 86 | yhbY | greA | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4271 | Yes | 2.00E-23 | 93 | |
| ryhA/sraH | w | 220 | 3348213 | 3348304 | 91 | elbB | arcB | 2;3;4 | 839 | Yes | 5.00E-12 | 97 | ryhA (sRNA) / sraH (sRNA) |
| C0779 | w | 218 | 3376333 | 3376491 | 158 | rplM | yhcM | 1;2;3;4;5;8;11;12;13 | 1562 | Yes | 1.00E-23 | 97 | |
| C0781 | w | 434 | 3381939 | 3382059 | 120 | mdh | argR | 2;3 | 812 | Yes | 3.00E-05 | 85 | |
| C0782 | c | 313 | 3382808 | 3382886 | 78 | argR | yhcN | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;13 | 2079 | 0.25 | 100 | ||
| C0792 | w | 270 | 3436196 | 3436292 | 96 | mscL | yhdM | 2;5;8;11 | 3125 | Yes | 9.00E-11 | 86 | |
| C0795 | w | 146 | 3440125 | 3440240 | 115 | rpsM | rpmJ | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 7783 | Yes | 1.00E-56 | 98 | |
| C0799 | w | 164 | 3445787 | 3445949 | 162 | rplN | rpsQ | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 1820 | Yes | 2.00E-50 | 92 | ORF 81 |
| C0802 | w | 237 | 3450935 | 3451068 | 133 | rpsJ | pinO | 1;2;3;4;5;7;8;10;12;13 | 5946 | Yes | 3.00E-45 | 92 | ORF 84 |
| C0807 | w | 125 | 3472189 | 3472298 | 109 | rpsL | yheL | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 1406 | Yes | 1.00E-50 | 97 | |
| C0817 | c | 377 | 3494742 | 3494814 | 72 | nirD | nirC | 3 | 1632 | 0.23 | 95 | ||
| C0818 | c | 243 | 3497264 | 3497403 | 139 | yhfL | yhfM | 3 | 940 | 0.49 | 100 | ORF 93 | |
| C0824 | w | 199 | 3516914 | 3516992 | 78 | aroK | hofQ | 2;3;7;9 | 467 | 0.016 | 100 | ORF 81 | |
| C0826 | c | 191 | 3534246 | 3534378 | 132 | ompR | greB | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 3290 | Yes | 1.00E-38 | 93 | |
| C0832 | w | 272 | 3571143 | 3571363 | 220 | glgB | asd | 2;3;12 | 863 | Yes | 5.00E-30 | 87 | |
| C0834 | w | 192 | 3572520 | 3572616 | 96 | asd | yhgN | 2;3;7;8;10;11;12 | 674 | Yes | 2.00E-18 | 96 | |
| C0835 | w | 223 | 3576479 | 3576551 | 72 | gntR | yhhW | 2;12;13 | 583 | Yes | 0.0002 | 89 | |
| ryhB/sraI | c | 332 | 3578472 | 3578685 | 213 | yhhX | yhhY | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11 | 4752 | Yes | 1.00E-24 | 89 | ryhB (sRNA) / sraI (sRNA) |
| C0840 | w | 244 | 3598435 | 3598507 | 72 | rpoH | ftsX | 2;3;4;12 | 908 | 3.6 | 100 | ||
| C0846 | c | 231 | 3635080 | 3635116 | 36 | yhiN | pitA | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 1379 | Yes | 2.00E-05 | 100 | |
| C0850 | c | 876 | 3645316 | 3645610 | 294 | gor | arsR | 1;2;3;4;5;7;8;10;11 | 1031 | 0.27 | 100 | ||
| C0851 | w | 876 | 3645700 | 3645859 | 159 | gor | arsR | 3;8 | 436 | 0.14 | 100 | ||
| C0853 | c | 155 | 3652278 | 3652310 | 32 | slp | yhiF | 2;3;4;7;12 | 1425 | Yes | 0.005 | 100 | |
| C0857 | c | 798 | 3655198 | 3655608 | 410 | hdeD | yhiE | 2;3;4;8;9;10;11;12 | 2796 | 0.39 | 100 | ||
| C0861 | w | 362 | 3661470 | 3661506 | 36 | yhiV | yhiW | 3;12 | 487 | 0.37 | 100 | ||
| C0864 | c | 410 | 3672041 | 3672128 | 87 | yhjD | yhjE | 3 | 363 | Yes | 0.0003 | 96 | ORF 135 |
| C0865 | c | 181 | 3673739 | 3673901 | 162 | yhjE | yhjG | 1;2;3;4;7;8;12;13 | 466 | Yes | 6.00E-10 | 97 | |
| C0868 | c | 669 | 3697742 | 3697968 | 226 | yhjU | yhjV | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11 | 1137 | Yes | 7.00E-23 | 92 | |
| C0871 | w | 910 | 3705866 | 3705915 | 49 | dppA | proK | 2;3;4;8 | 514 | 0.56 | 100 | ||
| C0876 | c | 280 | 3717535 | 3717645 | 110 | yiaG | cspA | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 5731 | Yes | 9.00E-30 | 90 | ORF 111 |
| C0877 | c | 568 | 3723150 | 3723337 | 187 | glyQ | yiaH | 2;3;4;10 | 1595 | 0.67 | 100 | ||
| C0878 | w | 568 | 3723282 | 3723377 | 95 | glyQ | yiaH | 3 | 411 | Yes | 3.00E-07 | 94 | |
| C0879 | w | 195 | 3733817 | 3733889 | 72 | xylR | bax | 3 | 0 | Yes | 1.00E-06 | 96 | |
| C0880 | c | 195 | 3733853 | 3733953 | 100 | xylR | bax | 2;3;4;8;13 | 1521 | 0.34 | 100 | ||
| C0881 | c | 177 | 3737180 | 3737284 | 104 | malS | avtA | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1278 | 0.35 | 100 | ||
| C0887 | w | 244 | 3782745 | 3782849 | 104 | yibN | yibO | 2;3;4;8;9;12 | 1236 | Yes | 4.00E-16 | 98 | |
| C0888 | c | 129 | 3785732 | 3785805 | 73 | yibP | yibQ | 3;4;8 | 672 | 0.92 | 100 | ||
| C0894 | w | 216 | 3809324 | 3809504 | 180 | rpmB | radC | 2;3;4;8;12;13 | 1020 | Yes | 2.00E-75 | 95 | |
| C0898 | w | 555 | 3838060 | 3838143 | 83 | nlpA | yicM | 2;3;4;8;9;10 | 742 | 0.27 | 91 | ||
| C0899 | w | 105 | 3850423 | 3850515 | 92 | ilvB | ivbL | 1;2;3;4;7;8;10 | 677 | Yes | 6.00E-24 | 94 | |
| C0900 | w | 927 | 3851123 | 3851297 | 174 | ivbL | emrD | 2;4;5;8 | 2066 | Yes | 2.00E-72 | 94 | |
| C0906 | c | 223 | 3882582 | 3882654 | 72 | rnpA | yidC | 2;4;12 | 454 | Yes | 6.00E-36 | 100 | |
| C0916 | w | 198 | 3928748 | 3928841 | 93 | yieN | kup | 2;3;4;10 | 1208 | Yes | 3.00E-07 | 97 | |
| C0918 | c | 438 | 3930671 | 3930743 | 72 | kup | rbsD | 1;2;3;4;9;10 | 947 | Yes | 1.00E-15 | 93 | |
| C0924 | c | 106 | 3972116 | 3972202 | 86 | rffH | wecD | 2;3;4;5;7;8;9;10;11;13 | 1717 | 0.071 | 100 | ||
| ryiA/sraJ | w | 678 | 3983915 | 3984192 | 277 | aslA | hemY | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4227 | Yes | 2.00E-60 | 95 | ryiA (sRNA) / sraJ (sRNA) |
| C0928 | c | 119 | 4007804 | 4007912 | 108 | pldB | yigL | 1;2;3;4;5;7;8;9;11;12;13 | 1468 | Yes | 5.00E-28 | 91 | |
| C0934 | w | 189 | 4028683 | 4028710 | 27 | fadB | pepQ | 3;4 | 704 | 3.6 | 100 | ||
| C0937 | c | 111 | 4041634 | 4041725 | 91 | dsbA | yihF | 2;3;4;7;8;10;11;13 | 990 | 0.019 | 95 | ||
| ryiB/sraK | w | 614 | 4048569 | 4048804 | 235 | yihA | yihI | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 25932 | Yes | 3.00E-56 | 93 | ryiB (sRNA) / sraK (sRNA) |
| C0940 | c | 450 | 4050998 | 4051342 | 344 | hemN | glnG | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 4212 | Yes | 2.00E-14 | 85 | |
| C0943 | w | 372 | 4055836 | 4055961 | 125 | glnA | yihK | 1;2;3;4;7;8;9;10;11;12;13 | 1344 | Yes | 8.00E-52 | 97 | |
| C0945 | w | 329 | 4077774 | 4077861 | 87 | yiiF | fdhE | 2;9;13 | 626 | 1.1 | 100 | ||
| C0947 | w | 300 | 4090628 | 4090697 | 69 | frvA | yiiL | 1;2;3;4 | 424 | 0.85 | 100 | ||
| C0948 | c | 250 | 4099036 | 4099156 | 120 | sodA | kdgT | 1;2;3;4;6;7;8;9;13 | 896 | 0.1 | 100 | ||
| C0950 | c | 148 | 4103905 | 4103989 | 84 | b3914 | yiiP | 1;2;3;4;5;8 | 2704 | Yes | 9.00E-23 | 98 | |
| C0952 | c | 180 | 4105023 | 4105124 | 101 | yiiP | pfkA | 2;3;4 | 792 | Yes | 3.00E-20 | 87 | ORF 75 |
| C0955 | w | 134 | 4113177 | 4113291 | 114 | glpX | glpK | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;13 | 1196 | Yes | 7.00E-09 | 88 | |
| C0959 | c | 276 | 4125999 | 4126105 | 106 | metJ | metB | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2109 | 0.023 | 100 | ||
| OxyS | c | 266 | 4155871 | 4155978 | 107 | argH | oxyR | 4 | 5674 | Yes | 1.00E-10 | 85 | oxyS (sRNA) |
| C0966 | c | 116 | 4173141 | 4173244 | 103 | tyrU | glyT | 1;2;3;4;5;8;10;11;12;13 | 3027 | Yes | 4.00E-47 | 97 | |
| C0967 | c | 114 | 4173437 | 4173516 | 79 | thrT | secE | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 | 5093 | Yes | 2.00E-33 | 98 | |
| C0970 | c | 412 | 4177248 | 4177547 | 299 | rplA | rplJ | 1;2;3;4;5;6;7;8;10;11;12;13 | 4397 | Yes | 6.00E-64 | 92 | |
| C0973 | c | 319 | 4178555 | 4178804 | 249 | rplL | rpoB | 2;3;4;8;11;12;13 | 1481 | Yes | e-112 | 96 | |
| C0976 | w | 409 | 4188185 | 4188292 | 107 | htrC | thiH | 2;6;7;10;13 | 1332 | Yes | 0.006 | 100 | |
| C0978 | w | 110 | 4190298 | 4190385 | 87 | thiG | thiF | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2187 | 0.072 | 95 | ||
| C0984 | c | 182 | 4215995 | 4216167 | 172 | aceA | aceK | 1;2;3;4;5;8;9;11;12 | 1428 | Yes | 7.00E-10 | 97 | |
| C0989 | c | 594 | 4237392 | 4237543 | 151 | yjbH | yjbA | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 871 | 0.13 | 100 | ||
| ryjA/sraL | c | 545 | 4275549 | 4275675 | 126 | soxR | yjcD | 1;3;4;5;8;9;10;11 | 19257 | Yes | 4.00E-29 | 93 | ryjA (sRNA) / sraL (sRNA) / ORF 186 |
| C0999 | w | 199 | 4282864 | 4282978 | 114 | yjcH | acs | 4;12 | 287 | Yes | 4.00E-10 | 97 | |
| C1002 | w | 325 | 4310762 | 4310865 | 103 | rpiR | rpiB | 1;2;3;5;7;8;9;10;11 | 968 | 0.35 | 100 | ||
| C1003 | w | 125 | 4311835 | 4311917 | 82 | phnQ | phnP | 2;3;7;8;10;12 | 1731 | 0.067 | 95 | ||
| C1005 | c | 263 | 4327903 | 4327979 | 76 | yjcZ | proP | 1;2;3;4;5;8;9;10 | 1597 | Yes | 4.00E-12 | 87 | ORF 99 |
| C1009 | w | 324 | 4335553 | 4335728 | 175 | adiY | adiA | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2819 | 0.04 | 100 | ||
| C1010 | c | 282 | 4339207 | 4339284 | 77 | melR | melA | 2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12 | 3032 | 0.25 | 91 | ||
| C1011 | c | 570 | 4346531 | 4346635 | 104 | dcuB | yjdG | 2 | 427 | 0.023 | 100 | ||
| C1012 | w | 226 | 4350096 | 4350123 | 27 | yjdJ | yjdK | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2973 | 0.9 | 100 | ||
| C1023 | c | 85 | 4397780 | 4397851 | 71 | miaA | hfq | 2;3;4;8;10;12 | 1319 | Yes | 1.00E-30 | 99 | |
| C1027 | c | 85 | 4399532 | 4399609 | 77 | hflX | hflK | 1;2;3;4;5;8;11;12;13 | 1066 | Yes | 3.00E-16 | 94 | |
| C1029 | c | 179 | 4406683 | 4406845 | 162 | vacB | yjfH | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;13 | 2539 | Yes | 6.00E-10 | 97 | |
| C1035 | c | 128 | 4432089 | 4432180 | 91 | ytfH | cpdB | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2881 | 0.3 | 100 | ||
| C1036 | w | 128 | 4432093 | 4432177 | 84 | ytfH | cpdB | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 852 | 0.27 | 100 | ||
| C1042 | c | 137 | 4448591 | 4448625 | 34 | ytfQ | ytfR | 2;3;4;5;9;10;12;13 | 815 | 1.3 | 100 | ||
| C1046 | c | 241 | 4456999 | 4457124 | 125 | pmbA | cybC | 2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 1790 | Yes | 0.007 | 100 | |
| C1048 | w | 157 | 4457950 | 4458034 | 84 | nrdG | nrdD | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 6976 | Yes | 0.001 | 100 | |
| C1051 | w | 378 | 4464974 | 4465173 | 199 | treR | mgtA | 2;3;8;12 | 1550 | Yes | 0.0002 | 82 | |
| C1056 | w | 159 | 4481851 | 4481964 | 113 | holC | pepA | 1;2;3;9;11;12;13 | 1018 | Yes | 3.00E-08 | 100 | ORF 81 |
| C1061 | c | 378 | 4498468 | 4498595 | 127 | yjgY | yjgZ | 1;2;3;4;5;7;8;9;10 | 893 | 0.44 | 100 | ||
| C1062 | w | 513 | 4499430 | 4499669 | 239 | yjgZ | yi41 | 2;3;4;5;8;9;10 | 1980 | 0.014 | 100 | ||
| C1066 | w | 532 | 4518187 | 4518237 | 50 | yjhU | yjhF | 2;3;4;7;8 | 988 | 2.3 | 100 | ||
| C1067 | c | 755 | 4529503 | 4529584 | 81 | sgcX | yjhP | 1;2;3;4;5;7;8;10;11;13 | 2738 | 0.017 | 100 | ||
| C1068 | w | 755 | 4529766 | 4529862 | 96 | sgcX | yjhP | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 | 2359 | 0.32 | 100 | ||
| C1069 | c | 1230 | 4531631 | 4531703 | 72 | yjhQ | yjhR | 3 | 364 | Yes | 5.00E-24 | 94 | |
| C1070 | w | 1230 | 4532142 | 4532310 | 168 | yjhQ | yjhR | 8 | 763 | 0.15 | 100 | ||
| C1073 | c | 481 | 4540582 | 4540669 | 87 | fimE | fimA | 2;3;8;12;13 | 2881 | 1.1 | 100 | ||
| C1075 | w | 339 | 4549106 | 4549179 | 73 | gntP | uxuA | 5;13 | 616 | 0.23 | 100 | ||
| C1077 | c | 207 | 4561419 | 4561465 | 46 | yjiK | yjiL | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;13 | 1438 | Yes | 0.008 | 100 | |
| C1078 | c | 478 | 4566160 | 4566320 | 160 | yjiO | yjiP | 2;3;4;7;8;9;10;11 | 1469 | Yes | 2.00E-10 | 90 | |
| C1079 | w | 243 | 4567632 | 4567706 | 74 | yjiQ | yjiR | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 1330 | 0.24 | 100 | ||
| C1080 | w | 170 | 4577573 | 4577632 | 59 | yjiW | hsdS | 2;3;4;8;9;10;11 | 675 | Yes | 5.00E-11 | 91 | |
| C1082 | c | 362 | 4589126 | 4589201 | 75 | yjiY | tsr | 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11 | 6429 | Yes | 7.00E-08 | 97 | |
| C1083 | c | 230 | 4593357 | 4593440 | 83 | yjjM | yjjN | 2;3;5 | 2117 | 0.27 | 100 | ||
| C1087 | c | 414 | 4603371 | 4603606 | 235 | fhuF | leuV | 2 | 4460 | 0.014 | 90 | ||
| C1088 | w | 267 | 4603993 | 4604236 | 243 | leuQ | yjjT | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11 | 1759 | Yes | 2.00E-20 | 98 | |
| C1090 | c | 392 | 4608861 | 4608963 | 102 | prfC | osmY | 12 | 671 | Yes | 3.00E-14 | 95 | |
| C1099 | w | 210 | 4632964 | 4633003 | 39 | rob | creA | 2;4;7;8;10;11;12;13 | 1650 | 6.4 | 100 | ||
| C1102 | c | 399 | 4638131 | 4638203 | 72 | yjjY | lasT | 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 | 2141 | Yes | 1.00E-33 | 99 |