Intergenic transcripts classified as small RNAs or ORFs

Transcript Name Strand Ig Size (nt) From (bp) To (bp) Size (nt) Left Gene Right Gene Experiments Expression Homology E-value Identity (%) Information
C0067 w 625 238462 238586 124 yafT yafU 3 476 0.11 100 small RNA
C0068 w 205 244205 244325 120 gmhA yafJ 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 1924 Yes 0.0004 93 ORF 90
C0081 c 874 330807 330895 88 betT yahA 4 507 0.29 95 ORF 141
C0088 w 182 405549 405621 72 yaiI aroL 1;2;3;4;5;6;7;8;10;11;12;13 3922 0.058 100 ORF 81
C0096 w 205 440711 440771 60 xseB yajK 2;3;4;7;8;10;11;12 1411 0.19 91 ORF 90
C0106 w 208 460538 460648 110 lon hupB 1;2;3;5;6;7;8;9;10;11;12;13 2893 Yes 2.00E-18 89 ORF 84
ylbE w 266 547727 547805 78 fdrA ylbE 1;2;3;5;6;7;8;9;10;11;12;13 3444 Yes 7.00E-11 85 ylbE (colibri)
C0134 c 320 611721 611858 137 fepA fes 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 12789 0.48 100 ORF 96
ybdD w 389 631258 631568 310 cstA ybdH 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 3493 Yes 1.00E-21 84 ybdD (colibri)
C0184 c 315 784540 784665 125 b0753 aroG 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 3513 Yes 1.00E-16 96 ORF 108
rybA c 242 852175 852263 88 ybiP ybiQ 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11 1702 Yes 5.00E-06 87 rybA (sRNA)
C0218 w 284 925683 925896 213 infA aat 2;3;8;12 984 Yes 2.00E-16 92 ORF 96
C0235 w 180 982123 982296 173 ycbB ycbK 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 4696 Yes 1.00E-08 87 ORF 75
C0237 w 221 983542 983719 177 ycbL aspC 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 1843 Yes 4.00E-08 97 ORF 78
C0240 w 602 986548 986684 136 ompF asnS 2;3 1296 Yes 5.00E-07 90 ORF 126
C0273 c 286 1120178 1120251 73 yceP dinI 1;2;3;4;5;8;10;11;12;13 13696 Yes 0.001 84 ORF 135
sraB w 159 1145865 1146006 141 yceF yceD 6;10 9699 Yes 3.00E-36 94 sraB (sRNA)
C0283 c 210 1150729 1150827 98 fabG acpP 2;3;4;5;8;11;12 1230 Yes 2.00E-51 100 ORF 78
C0289 c 168 1189706 1189829 123 phoP purB 1;2;3;7;8;4;8;12 2918 Yes 0.007 100 ORF 81
C0293 w 493 1195937 1196009 72 icdA ymfD 3 744 0.23 100 small RNA
C0299 w 366 1229852 1229930 78 hlyE umuD 3 3139 0.99 100 small RNA
yciY w 370 1306783 1306935 152 cls kch 2;3;4;7;8;12 2237 Yes 2.00E-37 89 yciY (colibri)
C0327 c 219 1327136 1327246 110 yciK sohB 3;5;8;10;11 684 0.095 100 ORF 75
C0343 w 477 1407387 1407461 74 b1342 dbpA 3 483 0.06 86 small RNA
ydbJ w 536 1439053 1439292 239 ydbK hslJ 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 3663 Yes 4.00E-21 83 ydbJ (colibri)
ydbA w 180 1468628 1468712 84 ydbA ydbA 2;8;10;11 802 0.27 100 ydbA (colibri)
C0351 w 244 1489516 1489596 80 cybB ydcA 2;3;7;8;9;10;11;12;13 1017 Yes 2.00E-11 92 ORF 93
yncL c 311 1515050 1515188 138 b1444 b1445 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 9563 0.48 100 yncL (colibri)
C0362 w 406 1550025 1550410 385 fdnI yddM 3 411 Yes 3.00E-08 97 small RNA
yneM w 440 1620649 1620768 119 ydeF ydeH 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 9733 Yes 1.00E-10 87 yneM (colibri)
ORF 84 c 362 1636715 1636818 103 cspI ydfP 2 1032 0.088 100 ORF 84
C0378 w 678 1638985 1639089 104 b1556 cspB 3 1106 0.089 89 ORF 75
C0380 c 300 1639581 1639743 162 cspB cspF 2;3;4;5;6;7;8;11 1151 0.57 95 ORF 90
C0384 c 216 1642999 1643116 117 rem relF 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 4665 0.1 100 ORF 96
C0396 c 198 1686401 1686546 145 fumA manA 2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 2265 Yes 1.00E-29 88 ORF 84
rprA c 401 1768222 1768303 81 ydiK ydiL 1;2;3;4;5;8;10;11 1318 0.26 100 rprA (sRNA) / ORF 81
ryeA/sraC w 392 1921160 1921323 163 pphA yebY 2;3;4;5;8;9;10;11 1628 Yes 1.00E-51 97 ryeA (sRNA) / sraC (sRNA)
ryeB c 392 1921188 1921308 120 pphA yebY 2;3;4;7;8;10;11;12 4480 Yes 4.00E-35 96 ryeB (sRNA)
cutC c 319 1957092 1957183 91 cutC yecM 2;3;7;9;11 780 0.3 100 cutC (colibri)
C0464 c 201 1964292 1964379 87 flhB cheZ 2;3;4 1545 1.1 100 ORF 90
C0465 w 144 1970763 1970840 77 tar cheW 3 458 0.25 95 small RNA
C0473 w 229 1995020 1995047 27 sdiA yecC 1;2;3;4;5;7;8;9;10;13 1239 0.9 100 ORF 105
yoeB c 333 2087250 2087474 224 b2016 yefM 1;2;3;4;5;6;7;8;9;11;12;13 2357 0.81 100 yoeB (colibri)
wbbL c 626 2099290 2099487 197 gnd yefJ 1;2;3;7;8;10;11;12;13 841 Yes 5.00E-05 100 wbbL (colibri)
C0495 c 174 2112349 2112514 165 galF wcaM 1;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 2739 Yes 1.00E-11 97 ORF 84
C0505 w 222 2183330 2183501 171 thiM yohL 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 2736 Yes 1.00E-32 96 ORF 99
C0517 c 257 2241672 2241815 143 folE yeiG 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 20909 Yes 6.00E-16 89 ORF 81
C0521 c 367 2261515 2261611 96 fruB yeiO 2;8;10;11 5962 Yes 6.00E-12 95 ORF 141
yeiW c 150 2263100 2263137 37 yeiO yeiP 3;4 298 0.097 100 yeiW (colibri)
micF w 738 2311118 2311161 43 ompC yojN 4 4330 Yes micF (sRNA)
C0528 w 199 2314873 2314957 84 rcsB rcsC 2;3;4;7;8;11;12 1119 Yes 3.00E-10 97 ORF 93
C0531 c 272 2350406 2350478 72 glpT glpA 3;5;13 2590 0.058 100 ORF 85
C0535 c 303 2378445 2378736 291 menF elaB 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12 4904 Yes 1.00E-27 82 menF (colibri)
C0552 c 265 2425811 2425920 109 argT ubiX 1;6;7;8;10 1417 Yes 7.00E-12 95 ORF 189
yfdO c 298 2468529 2468667 138 b2352 b2353 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11 2206 1.9 100 yfdO (colibri)
ypeB c 216 2525988 2526076 88 yfeH lig 2;3;4;5;7;10;13 824 Yes 4.00E-19 100 ypeB (colibri)
C0587 w 425 2539328 2539377 49 cysW cysU 1;2;3;11 884 Yes 6.00E-10 90 ORF 108
C0591 w 469 2558965 2559103 138 b2443 b2444 2 718 0.12 100 ORF 96
ypfM c 538 2588765 2589010 245 acrD yffB 2;3;4;5;8;9 4608 Yes 5.00E-33 94 ypfM (colibri)
C0598 w 337 2590756 2591007 251 dapE ypfH 1;2;3;4;8;9;10;11;12;13 2665 Yes 8.00E-63 89 ORF 198
C0614 c 817 2651472 2651558 86 sseA sseB 2 299 0.28 100 small RNA
ryfA w 817 2651902 2652147 245 sseA sseB 1;2;3;4;5;7;8;10;11;12;13 2497 Yes 5.00E-24 88 ryfA (sRNA)
yfjV c 150 2770763 2770848 85 b2639 b2640 1;2;3;4;7;8;10;11;12;13 5031 0.07 100 yfjV (colibri)
ypjI w 897 2773715 2773825 110 yfjW yfjX 8 388 0.095 100 ypjI (colibri)
C0656 w 191 2806172 2806263 91 proX b2680 2;8;7 427 Yes 2.00E-05 90 ORF 150
C0664 w 127 2833077 2833189 112 ygbD hypF 3 461 Yes 4.00E-10 97 small RNA
csrB c 621 2922205 2922597 392 ygcC syd 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 22421 Yes 2.00E-92 87 csrB (sRNA)
gcvB w 350 2940716 2940898 182 gcvA ygdL 1;2;3;4;5;8;10;11;12;13 11363 Yes 5.00E-82 96 gcvB (sRNA)
rygC w 388 3054891 3055109 218 ygfA serA 1;2;3;4;5;8;9;10;11 3101 Yes 2.00E-10 89 rygC (sRNA)
C0719 w 354 3119374 3119595 221 yghK glcB 4 2581 0.051 95 small RNA
C0720 w 291 3134391 3134463 72 pitB gsp 7 275 Yes 6.00E-08 90 ORF 138
yqhE w 221 3154556 3154752 196 yqhD yqhE 1;2;3;5;8;9;10;11;12;13 10096 Yes 8.00E-13 86 yqhE (colibri)
C0730 c 419 3192684 3192948 264 b3051 b3052 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 8489 Yes 3.00E-44 86 small RNA
C0732 w 241 3198704 3198846 142 ygiF ygiM 2;3;4;5;7;8;11;12;13 1544 Yes 3.00E-39 90 ORF 75
sraF w 283 3236009 3236162 153 ygjR ygjT 2;3;4;8;10 1532 Yes 2.00E-47 92 sraF (sRNA)
C0745 c 293 3249766 3249837 71 yqjG yhaH 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 2550 Yes 0.004 95 ORF 135
C0745 c 258 3331101 3331194 93 rplU ispB 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 22385 Yes 5.00E-34 95 ORF 87
ryhA/sraH w 220 3348213 3348304 91 elbB arcB 2;3;4 839 Yes 5.00E-12 97 ryhA (sRNA) / sraH (sRNA)
C0786 c 244 3398784 3398993 209 mreB yhdA 1;2;4;9;12 3324 Yes 4.00E-67 91 ORF 117
yhdL c 270 3436153 3436324 171 mscL yhdM 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12 4333 Yes 7.00E-16 82 yhdL (colibri)
C0811 w 220 3475115 3475275 160 fkpA slyX 1;2;3;4;5;8;9;10;11 1545 Yes 5.00E-20 89 ORF 87
crpT c 301 3483455 3483551 96 yhfA crp 1;2;3;5;6;7;8;9;10;11;12;13 2607 Yes 9.00E-14 98 crpT (sRNA) / ORF87
yhgF w 195 3535072 3535120 48 greB yhgF 2;3;7;8;11;12;13 739 Yes 2.00E-13 97 yhgF (colibri)
ryhB/sraI c 332 3578472 3578685 213 yhhX yhhY 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11 4752 Yes 1.00E-24 89 ryhB (sRNA) / sraI (sRNA)
C0864 c 410 3672041 3672128 87 yhjD yhjE 3 363 Yes 0.0003 96 ORF 135
C0872 c 290 3708140 3708200 60 yhjW yhjX 3;5;11 1149 0.047 100 ORF 129
C0876 c 280 3717535 3717645 110 yiaG cspA 1;2;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 5731 Yes 9.00E-30 90 ORF 111
yibT c 505 3773804 3774176 372 mtlR yibL 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 17122 Yes 4.00E-13 86 yibT (colibri)
yidD w 223 3882481 3882703 222 rnpA yidC 1;2;4;5;6;7;8;11;12;13 6204 Yes e-108 97 yidD (colibri)
C0910 c 352 3912899 3912984 85 glmU atpC 1;2;3;4;5;7;8;9;10;13 1659 0.07 92 ORF 90
yieM c 160 3927114 3927194 80 yieM yieN 2;3;5;7;8;9;11;12;13 1082 Yes 2.00E-08 89 yieM (colibri)
C0917 w 438 3930539 3930670 131 kup rbsD 1;2;3;8;12 970 Yes 6.00E-28 87 ORF 141
ryiA/sraJ w 678 3983915 3984192 277 aslA hemY 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 4227 Yes 2.00E-60 95 ryiA (sRNA) / sraJ (sRNA)
yigJ w 314 4005348 4005564 216 recQ yigJ 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 1501 Yes 1.00E-42 86 yigJ (colibri)
yigK c 313 4006462 4006687 225 yigK pldB 1;3;4;7;9;12 1924 Yes 0.0008 89 yigK (colibri)
yigL w 119 4007800 4007912 112 pldB yigL 2;3;5;6;7;8;9;10;11;12;13 1663 Yes 5.00E-28 91 yigL (colibri)
C0929 w 236 4010458 4010617 159 metR metE 1;2;3;5;6;7;8;9;10;11;12 18693 Yes 2.00E-13 100 ORF 108
ryiB/sraK w 614 4048569 4048804 235 yihA yihI 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 25932 Yes 3.00E-56 93 ryiB (sRNA) / sraK (sRNA)
C0944 c 329 4077767 4077844 77 yiiF fdhE 1;3;4;5;7;8;9;10;11;12;13 1070 0.98 100 ORF 90
C0952 c 180 4105023 4105124 101 yiiP pfkA 2;3;4 792 Yes 3.00E-20 87 ORF 75
OxyS c 266 4155871 4155978 107 argH oxyR 4 5674 Yes 1.00E-10 85 oxyS (sRNA)
C0988 w 524 4230934 4231006 72 lysC pgi 2;3;4;7;12;13 914 0.9 100 ORF 135
ryjA/sraL c 545 4275549 4275675 126 soxR yjcD 1;3;4;5;8;9;10;11 19257 Yes 4.00E-29 93 ryjA (sRNA) / ORF186
yjcQ c 140 4300516 4300592 76 yjcQ yjcR 1;2;5;6;9;10;12 1819 0.062 100 yjcQ (colibri)
C1018 w 202 4370743 4370938 195 yjeI yjeJ 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 2037 Yes 3.00E-09 97 ORF 102
C1037 w 189 4434216 4434331 115 cpdB cysQ 1;2;3;4;5;8;9;10;11;12 2233 Yes 3.00E-08 87 ORF 75
C1056 w 159 4481851 4481964 113 holC pepA 1;2;3;9;11;12;13 1018 Yes 3.00E-08 100 ORF 81
yjhU c 532 4517980 4518152 172 yjhU yjhF 1;2;3;4;7;8;9;10;11;12;13 672 0.15 100 yjhU (colibri)
yjjZ w 414 4603277 4603596 319 fhuF leuV 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 17661 Yes 1.00E-12 88 yjjZ (colibri)
ytjA w 409 4609581 4609964 383 osmY yjjU 1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13 10948 Yes 3.00E-63 86 ytjA (colibri) / ORF 147
C1091 c 409 4609602 4609865 263 osmY yjjU 2;3;4;10;12 2100 Yes 1.00E-55 86 ORF 159
yjjV w 140 4611060 4611187 127 yjjU yjjV 2;5;6;7;8;9;10;11;12 3530 Yes 5.00E-10 90 yjjV (colibri)